علی مطهری در یادداشتی با عنوان «داستان اتم یا گاندوی دوم» که در اختیار ایسنا گذاشت، نوشت: «مستند داستان اتم که طی روزهای اخیر از شبکه ۳ سیما پخش شد در واقع تحریف تاریخچه برجام بود. آنچه در مجموع از این برنامه برداشت میشد این بود که برجام کلاهی بوده که توسط آمریکاییها و اروپاییها سر ایران گذاشته شده و در داخل کشور نیز عواملی مانند آقایان روحانی، ظریف و علی لاریجانی با آنها هماهنگ بوده و احیاناً خیانت کردهاند. این برنامه به عوامفریبی و مغالطه پرداخته و تصویب ۲۰ دقیقهای جزئیات برجام در مجلس را تلویحاً خیانت معرفی کرد، در حالی که اولاً برجام نیاز به تصویب مجلس نداشته و توافقی اجرایی بین دولتها بوده است؛ همان طور که کنگره آمریکا و مجالس کشورهای اروپایی برجام نیز وارد آن نشدند. ثانیاً تصویب ۲۰ دقیقهای جزئیات آن صرفاً برای اعلام «آری» یا «نه»ی مجلس بوده زیرا مجلس هیچگاه وارد جزئیات این گونه توافقها نمیشود، اما درباره کلیات آن چند ماه در جلسات علنی و غیرعلنی مجلس بحث شد و کارشناسان فنی و سیاسی و نمایندگان نظر دادند تا هر نمایندهای به نقطه آری یا نه رسید. بنابراین حتی ۲۰ دقیقه هم برای تصویب آن زیاد بود.وی در پایان یادداشتش نوشت: به هرحال مستند داستان اتم از انصاف به دور بود و میتوان گفت گاندوی دوم بود.